Флора Парку є досить багатою та різноманітною. Особливістю флори є те, що у складі як лісової, так і болотної рослинності наявна низка бореальних видів, які перебувають тут у локалітетах на південь від межі їх суцільного ареалу. 
Нині орієнтовно встановлено основне флористичне ядро Парку. За літературними даними та гербарними зборами, а також за даними досліджень 2020 р. список судинних рослин нараховує близько 567 видів, що належать до 350 родів, 94 родин, 56 порядків та 5 класів.
Кількість видів рослин у флорі РЛП «Мальованка»:
ВИЩІ СУДИННІ РОСЛИНИ
- Покритонасінні (квіткові) - 552
- Голонасінні  - 2
- Папоротеподібні - 8
- Хвощеподібні - 2
- Плауноподібні - 3
НИЖЧІ РОСЛИНИ
- Водорості - 217
РАЗОМ ВИЩИХ І НИЩИХ РОСЛИН - 784.
Флора Парку є відносно молодою і сформувалась у післяльодовиковий період із різних ботаніко-географічних центрів, основними із яких є гумідний, аридний та арктоальпійський. Гляціальні води утворили тут зандрову рівнину з досить бідними та супіщаними відкладами, на яких склалася флора переважно бореального характеру.
Серед еколого-ценотичних груп найбільшою є бореальна. Види цієї групи переважають у соснових лісах, які тут є найбільш поширеними. Це такі види як сосна звичайна, береза повисла, крушина ламка, чорниця, брусниця, грушанка круглолиста, деякі види папоротей. Бореальні види також домінують та виступають як асектатори в угрупованнях боліт, насамперед, осокових та осоково-сфагнових. Це – сабельник болотний, багно звичайне, калла болотна, осоки – осока висока, осока носата, осока пухнастоплода, пухівки – пухівка вагінальна болотна. Та пухівка вузьколиста, болотні верби – верба чорнична, верба мирзинолиста, тощо.
Неморальна еколого-ценотична група не відіграє тут значної ролі. Її види відмічені в лісах як асектатори. Це переважно види з європейським та євразійським ареалами. Серед них – яглиця звичайна, копитняк європейський, зеленчук жовтий,  підмаренник запашний, зірочник лісовий, тощо. Основу лучних ценозів Парку становлять види з широкими голарктичними та євразійськими ареалами, які зростають на луках рівнинної частини України – лисохвіст лучний, щучник деревний, грясти на збірна, вівсяниця лучна, тонконіг лучний, тощо.
Характерною особливістю флори Парку є наявність в її складі центральноєвропейських видів, які знаходяться тут на східній межі поширення – ситник розчепірений, ожина щетиниста, бедринець звичайний...
Своєрідну групу в складі флори Парку становлять реліктові види –післяльодовикові релікти – верба чорнична, баранець звичайний, зелениця сплющена.